Conformément à l'instruction du ministère en charge de l'écologie, pour accompagner la cartographie des cours d'eau, un guide d'entretien des cours d'eau en Eure-et-Loir a été réalisé par la Mission Inter-service de l'Eau et de la biodiversité, sur lequel la commission Environnement de la FDSEA28 a travaillé. A destination des propriétaires riverains, ce guide apporte des précisions sur ce qu'il faut faire et ne pas faire pour entretenir les cours d'eau et les berges afin de permettre un bon écoulement de l'eau et maintenir une diversité de la vie aquatique. Il permet par ailleurs de rappeler ce que constitue un cours d'eau, ce qu'est un entretien régulier et comment il doit être réalisé ainsi que ce qu'il faut éviter, les coordonnées utiles, etc. Il a notamment pour objectif d'éclairer l'agriculteur riverain de la ressource aquatique afin qu'il sache les possibilités et les risques avant toute intervention.